測定機器や測定波長などで選ばれることが多いようです。
製品名の後ろに[-AM]が付いているものは細胞膜透過型になります。
それぞれの試薬の特性は

【Fura 2】
・2励起1蛍光
　　励起(λ_ex= Ca:340 nm, Ca free:380 nm)、蛍光：λ_em=500 nm
・解離定数：224 nmol/L
・蛍光強度比での測定が出来るので、誤差要因の補正を行なうことが出来る。
=>細胞内Ca濃度の計算が行ない易い。
・最も多く使用されている。
・励起フィルターを切替えなくてはいけないので、切替え間のタイムロスがある。
　（機器の性能にもよる）

【Fluo 3】
・1励起1蛍光
　　励起：λ_ex=508 nm、蛍光：λ_em=527 nm
・解離定数：400 nmol/L
・励起波長が長波長側にあるので細胞に与える障害が少ない
　（NADH, NADPHの影響が出ない）
・Arレーザーによる励起装置が使用出来る。
・スライス標本には適さない
　（Fluo 3がスライス表面の死んだ細胞に結合するのか、細胞外のカルシウム濃度を測定する）
【Fluo 4】
・1励起1蛍光
　　励起：λ_ex=495 nm、蛍光：λ_em=518 nm
・解離定数：360 nmol/L
・Fluo 3よりも蛍光強度が強い。
・励起波長が長波長側にあるので細胞に与える障害が少ない
　（NADH, NADPHの影響が出ない）
・Arレーザーによる励起装置が使用出来る。
・Fluo 3よりも細胞毒性がでやすい。

【Indo 1】
・1励起2蛍光
　　励起：λ_ex= 330 nm、蛍光(λ_em= Ca:410 nm, Ca free:485 nm)
・解離定数：250 nmol/L
・励起波長の切替えの必要がないので、非常に早い速度のCa濃度変化や心筋細胞の
　ような動きの試料も測定できる（但し、検出器は2台必要）

【Rhod 2】
・1励起1蛍光
　　励起：λ_ex=553 nm、蛍光：λ_em=576 nm
・解離定数：1.0 μmol/L
・励起波長が長波長側にあるので細胞に与える障害が少ない
　（NADH, NADPHの影響が出ない）
・Arレーザーによる励起装置が使用出来る。

【Quin 2】
・1励起1蛍光
　　励起：λ_ex=339 nm、蛍光：λ_em=492 nm
・解離定数：110 nmol/L
・一番最初に開発されたプローブ2009/05/15

はじめて細胞内Ca²⁺測定をされる方を対象としたプロトコルを作成しております。
原理、Ca²⁺プローブの特徴、測定方法、トラブルシューティングの方法等を記載しておりますので、ご参照下さい。

下記リンクよりダウンロード可能です。

「はじめて細胞内Ca²⁺を測定する方へ　－カスタマーサポート担当者の視点から－」