図2　CLIPによるPCRの詳細な説明

　直鎖状のDNAのA領域、B領域に対して相補の配列を持つCLIPは、熱変性後A領域または、B領域にアニーリングする（ステップ1）。次にCLIPから伸長反 応が起こる（ステップ2）。伸長反応生成物は、熱変性後、CLIPとアニーリングする（ステップ3）。次にCLIPから伸長反応が起こる（ステップ4）。この伸長反 応は、CLIPのクロスリンクした塩基を越える事ができない。CLIP間のPCR反応により各々一つのCLIP構造をもつ2種類の生成物が産生される（ステップ5）。 各々のCLIP生成物はself-annealingにより伸長反応が起きself-circularizationするか（ステップ6、7）、2分子のCLIP生成物がアニーリングし伸長反応が起き CLIPの両側が伸長され、熱力学的に安定なself-annealingをして、環状化される（ステップ8、9、10、11）。